L'inventaire de la faune nécessite une connaissance poussée de l'écologie de chaque espèce ; certains milieux sont ainsi ciblés prioritairement.
Pour chaque groupe, des techniques d'inventaire spécifiques doivent être mises en œuvre à la bonne saison. Certaines espèces ont des mœurs nocturnes ou sont très farouches, seuls des indices discrets permettent de confirmer leur présence ; traces, sons, exuvies ou excréments caractéristiques sont alors recherchés.
