La préservation du réseau écologique européen nécessite une évaluation des incidences des projets portés à l'intérieur ou à proximité des sites Natura 2000.
L'évaluation porte sur une liste de milieux (habitats naturels) et d'espèces d'intérêt communautaire. Elle repose donc, comme l'étude d'impact, sur des inventaires précis de la faune et de la flore. Le cas échéant, des mesures d'atténuation des incidences sont proposées pour permettre la réalisation du projet.